Laphroaig liegt in einer kleinen, naturbelassenen Bucht.
Die Destillerie wurde offiziell 1815 von den Brüdern Donald & Alex Johnston gegründet. Ursprünglich war es eine Farm-Brennerei für den Eigenbedarf. Schon der Vater der Gründer, John, errichtete eine der beiden illegalen Brennereien, aus denen später Lagavulin wurde.
Außerdem gab es von 1837 bis 1868 auf dem heute von der Destillerie genutzten Gelände noch eine weitere Brennerei: Die alte Ardenistiel Distillery von Andrew und James Gairdner, die auch als Kildalton Distillery (1849–1852) und Islay Distillery (1852–1866) bekannt ist.
Das Wasser für die Herstellung stammte aus dem Sanaig Burn, welcher damals auch Laphroaig als Wasserquelle diente. Die Brennerei blieb bis 1954 in Familienbesitz. Der letzte aus dem Johnston Clan, Ian Hunter, hinterließ die Firma seiner Sekretärin Bessie Williamson. Diese verkaufte 1967 an Long John Distillers, führte die Destille aber weiter, bis sie sich 1972 zur Ruhe setzte.
1923 und 1969 wurden jeweils zwei weitere Stills angeschafft. 1974 kam die letzte Brennblase hinzu, womit die Anzahl auf insgesamt sieben stieg.
Als Long John Distillers 1975 in Whitbread aufgingen, welches wiederum zu Allied Domecq gehörte, wechselte auch Laphroaig den Eigentümer. Allied Domecq wurde 2005 von Pernod Ricard übernommen.
Um die Auflagen des Kartellamtes zu erfüllen, trennte sich Pernod Ricard von Laphroaig; seitdem ist Beam Global Spirits & Wine, eine Tochter von Fortune Brands, der neue Eigentümer. Anfang 2014 wurde bekannt, dass der japanische Getränkekonzern Suntory Beam Global bis zum zweiten Quartal des Jahres aufkaufen werde. Damit würde auch Laphroaig zum Portfolio von Suntory zählen.
Seit 1994 gehört Laphroaig als Single-Malt-Whisky zu den Hoflieferanten des Prince of Wales.
Das Salzwasser, die salzige Seeluft, das torfige Wasser aus dem Kilbride Dam und der Torf, der von destillerieeigenen Feldern auf Islay stammt (Glenmachrie Peat Moss) und einen hohen Moos-Anteil aufweist, sollen maßgeblich für den unverwechselbaren Geschmack des Malts verantwortlich sein. Allerdings stammt nicht alles Malz aus der eigenen Produktion, etwa 75 % wird von der Port Ellen-Mälzerei zugekauft, und zwar mit einem Phenol-Gehalt von etwa 40 ppm.
Die Anlage, in der dieser Whisky hergestellt wird, besteht aus einem Maischbottich (mash tun) (8,5 Tonnen), sechs stählernen Gärbottichen (wash backs) (je 42.000 Liter), drei wash stills (von je 10.910 l) und vierspirit stills (3 x 3630 l, 1 x 7270 l) unter Dampfbefeuerung. Die Jahresproduktion liegt bei ca. 2 Millionen Litern (Stand 2000).
