Dans un effort pour contrôler les richesses des colonies américaines, la reine Elizabeth I d'Angleterre a parrainé et encouragé les pirates à piller les villes espagnoles du Nouveau Monde. L'un de ces pirates était Francis Drake, dont le pillage du trésor espagnol était évalué à deux fois le montant du revenu annuel de la reine. La date officieuse du prédécesseur du Mojito est 1586, lorsque le capitaine Drake et son groupe de pirates se sont demandé s'ils devaient piller La Havane à Cuba pour trouver le véritable or aztèque. Le roi Felipe II d'Espagne a prévenu le gouverneur cubain de l'attaque imminente du capitaine Drake, laissant le temps à la ville de se préparer.
La Havane s'est préparée à l'assaut du capitaine Drake, et finalement quatorze navires pirates sont apparus sur le rivage. Au grand étonnement de tous, après plusieurs jours d'attente, le capitaine Drake a quitté La Havane, le port le plus riche des Antilles, après n'avoir tiré que quelques décharges d'artillerie.
Le capitaine Drake a peut-être laissé La Havane intacte, mais il n'est pas parti sans affecter toute la civilisation cubaine. Son subordonné, Richard Drake, a inventé un cocktail en l'honneur du capitaine, connu sous le nom de Drake, Drak ou Drac.
Au cours des aventures du capitaine pour s'emparer et conquérir d'autres ports espagnols, Richard Drake a introduit sa recette auprès des différents habitants locaux qui ont eu la malchance de croiser le chemin du capitaine Drake.
En 1953, la reine Elizabeth I a accordé à Richard Drake le premier brevet de monopole important pour la production de divers vinaigres et boissons alcoolisées, en récompense des services rendus par le capitaine Drake.
Le Drake, à l'origine une combinaison de brandy (le précurseur brut du rhum), de sucre, de citron vert et de menthe, était servi avec une cuillère en bois dont le manche avait la forme d'une queue de coq et consommé principalement à des fins médicales. À une occasion, pendant l'une des pires épidémies de choléra qui ont attaqué la population de La Havane, l'écrivain Ramón de Raula a décrit : "Chaque jour, à 11 heures pile, je bois un petit Drake à l'eau-de-vie et je me sens mieux".
C'est au milieu du XIXe siècle, à peu près à l'époque où Don Facundo Bacardi Massó a créé la première société Bacardi, que la recette originale du Drake a été modifiée. Elle a été transformée en Mojito, et le brandy a été remplacé par du rhum. En 1940, Federick Villoch, le célèbre écrivain cubain, a proclamé : "...quand le brandy a été remplacé par du rhum, le Drake a été appelé Mojito".
